질병관리청의 기원은 1894년 고종의 칙령으로 설치된 위생국에서 찾을 수 있다. 그 후 1935년 설립된 보건원 양성소를 모태로 하여, 1945년 해방 후 이들 기관은 조선방역연구소, 국립화학연구소 등으로 개칭되었다. 각각 독립기관으로 설립 운영되던 국립방역연구소, 국립화학연구소, 국립보건원, 국립생약시험소가 통합되어 1963년 12월 16일, 국립보건원으로 발족되었다. 현재의 질병관리청은 국가질병연구관리 기관으로서의 업무를 보다 효율적으로 수행하고자 몇 차례 직제가 개정된 후, 국가 감염병 연구 및 관리와 생명과학연구를 수행하는 중추기관으로 발전하였다.
우리나라 국가 주도하의 근현대적 질병관리 업무는 100여 년에 가까운 역사를 지니고 있으며 현재의 질병관리청와 그 전신 기관들은 바로 이러한 국가 질병관리 및 의과학 연구 100년사의 핵심에 있다.